Prirodoslovni muzej Slovenije ni le edina naravoslovna muzejska ustanova pri nas, temveč tudi ena naših najstarejših kulturnih in znanstvenih institucij sploh: podobno kot Narodni muzej Slovenije je eden izmed naslednikov Kranjskega deželnega muzeja, ustanovljenega leta 1821, katerega temelj je bila prav naravoslovna zbirka. Z Narodnim muzejem Slovenije si tudi deli prostore v stari muzejski palači, zgrajeni ob koncu 19. stoletja, ki so za potrebe obeh muzejev že davno postali premajhni, pri tem pa tudi vse bolj zaostajajo za sodobnimi muzejskimi standardi.