S čebulno juho so si tešili glad že v antični Grčiji in Rimu, kjer so jo častili predvsem zaradi zdravilnih lastnosti in precej manj zaradi okusa. Čebula nasploh velja za eno najstarejših vrst gojene zelenjave in je od nekdaj predstavljala osnovno hrano za revne.
V srednjem veku se je preprosta juha iz kuhane čebule in vode razširila po Evropi, vključno s Francijo, tako da se omenja že v kuharskih knjigah iz 14. stoletja, vendar pa naj bi moderna različica, ki jo poznamo danes, s karamelizirano čebulo, govejo jušno osnovo, popečenim kruhom in naribanim sirom, običajno grojerjem, izvirala iz 18. stoletja. Ena najbolj znanih teorij o nastanku te jedi pripoveduje o tem, da je moderno čebulno juho zakuhal francoski kralj Ludvik XV., znan tudi kot Ludvik Ljubljeni, čigar vladavina od leta 1715 do smrti leta 1774 je druga najdaljša v francoski zgodovini, takoj za njegovim pradedkom, s soncem obsijanim Ludvikom XIV. Po legendi naj bi njegovo veličanstvo med nekim pregonom divjadi podleglo lakoti, in ker s seboj ni imel osebnega kuharja, je v maniri študentov iz današnje dobe v eni od svojih lovskih koč iz sestavin, ki so bile v shrambi, skuhal juho iz čebule, masla in šampanjca.
Druga verzija avtorstvo juhe pripisuje poljskemu kralju Stanislavu Leščinskemu, očetu francoske kraljice Marije Leščinske oziroma žene taistega Ludvika XV. Po tej legendi naj bi juha nastala v mestu Châlons-en-Champagne, glavnem mestu Šampanje in rojstnem mestu Nicolasa Appertta, izumitelja konzerviranja hrane, ki je neko noč delal v hotelu, ko se je takrat že nekdanji kralj Stanislav tam ustavil na poti v versajsko palačo, kjer je nameraval obiskati svojo hčerko, kraljico Marijo. Juha, ki jo je pokusil, ga je tako navdušila, da se je osebno odpravil v kuhinjo in v solzah opazoval kuharja, kako seklja ogromne količine čebule, odločen, da bo s svojimi kuharskimi sposobnostmi presenetil hčer in zeta. V kuharski knjigi, ki je izšla leta 1831, je Appert svoj recept res posvetil kralju in svojo verzijo čebulne juhe poimenoval juha à la Stanislav, čemur je prikimal celo slavni pisatelj Alexander Dumas v Velikem kuharskem slovarju ali Grand dictionnaire de cuisine iz leta 1873, kjer omenja Stanislavovo čebulno juho.
Izum klasične francoske juhe si lastijo še Italijani, ki trdijo, da je čebulno juho v Francijo v 16. stoletju prinesla Katarina Medičejska, ko se je poročila s francoskim kraljem Henrikom II. Katarina je namreč s seboj v Francijo pripeljala celo vojsko italijanskih kuharjev in ti naj bi v njeni novi domovini samo nadgradili italijansko oziroma toskansko verzijo čebulne juhe cipollate, ki se omenja že v renesančnih kuharicah iz 14. in 15. stoletja kot gosta juha iz čebule, mandljev, cimeta, kisa in medu ali sladkorja, postrežena na popečenih rezinah kruha. Se pa vsi brskači po zgodovini v en glas strinjajo, da si je čebulna juha v obliki, kot se danes diči na mizah, svojo slavo izborila v Parizu v 18. stoletju na tržnici Les Halles, ko so težaški delavci po trdem nočnem delu ob zori zahajali v bistroje, skupaj z veseljaki, ki so noč prebili v raznih pariških nočnih lokalih in si privoščili skodelico vroče zapečene čebulne juhe, da bi omilili alkoholni naboj v krvi. Še danes naj ne bi smela ta klasična čebula manjkati na nobenem slavju, še bolj pa ne dan po slavju, prav zaradi zdravilnih lastnosti proti mačku po prekrokani noči.
