Prvotna cerkev svetega Jakoba v Kamniku, ki je stala na zahodnem robu srednjeveške mestne naselbine in na začetku zunaj mestnih utrdb, ki so jih v nasprotju s sprva preprostimi palisadami z jarkom čez čas zamenjali z zidanimi in jih v obdobju turških vpadov še okrepili, je bila v doslej znanih zgodovinskih virih prvič omenjena leta 1423. Celotna podoba svetišča iz tega časa ni znana, njena gradnja pa je bila najverjetneje končana leta 1474. Po domnevah umetnostnega zgodovinarja Emilijana Cevca, kot je zapisal v zborniku, izdanem ob 500. obletnici frančiškanov v Kamniku, je cerkev na robu mesta najbrž doživela večje poškodbe ob velikem turškem napadu leta 1471, ki je divjal mimo Kamnika. Tedaj so požgali tudi mekinjski samostan klaris.
A čeprav je cerkev, kot je še poudaril Cevc, v cesarjevi ustanovni listini kamniškega frančiškanskega samostana omenjena kot kapela, to še ne pomeni, da je bila majhna, »marveč le, da je bila podružnica brez posebnih pravic in da v njej niso redno maševali«. Da je bilo svetišče, ki je nekoliko prezidano dočakalo 17. stoletje, v bistvu precej prostorno, pa priča Valvazorjev podatek o tem, da je imelo kar šest oltarjev. Pred napadi in ropanji Turkov pa so prebivalci konec 15. stoletja v cerkev svetega Jakoba skrili tudi relikvije iz gotske cerkve svetega Primoža in Felicijana nad Kamnikom.
Zaprtje in ponovno odprtje samostana
Obdobje reformacije frančiškanskemu samostanu ni bilo naklonjeno. Luteranski meščani in lokalna oblast ga niso podpirali, kot tudi ne kmečka okolica duhovnikov, ki niso znali slovensko. Prispevki samostanu so tako začeli upadati in ob tem tudi število menihov. Zato je cesar samostan leta 1536 razpustil, vanj pa so zaradi večje varnosti s Šutne preselili faro s šolo in bolnišnico. Šele čez slabih sto let, natančneje leta 1627, je cesar z odločbo samostan zopet oživil, vendar tokrat ne pod okriljem avstrijske, temveč bosansko-hrvaške province.
Ob ponovni naselitvi redovnikov sta bila samostan in cerkev v zelo slabem stanju, zato je bila prenova neizbežna. V 17. stoletju so cerkev opremili tudi s šestimi oltarji, z glavnim, posvečenim svetemu Jakobu, in s stranskimi, posvečenimi sveti Trojici, svetemu Frančišku Asiškemu, svetemu Antonu Padovanskemu, svetemu Florijanu in svetemu Valentinu. Oltarji so po Cevčevih navedbah tako imenovani zlati oltarji poznorenesančnega oziroma manierističnega sloga. Leta 1676 so nato povišali še zvonik ob cerkvi, medtem ko kaj veliko več o posegih v prvotnih samostanskih sakralnih objektih niti ni znano.
Gradnja nove cerkve
Po naročilu ljubljanskega mecena Jakoba Schella pl. Schellenburga so leta 1695 začeli zidati novo kamniško frančiškansko cerkev in ob njej tudi samostan. »Morda je v novi stavbi ostal še kakšen del stene stare cerkve, toda kakšnega vidnega detajla ne opazimo. Le kam so izginili kamnoseško obdelani kosi stare cerkve – rebra, figuralni sklepniki, portali in podobno? Na starem mestu je ostal samo zvonik, cerkev pa so modro preorientirali, tako da so prestavili prezbiterij na zahodno stran, vhodno fasado pa obrnili proti Trgu, s katerega so do cerkve izpeljali kratko ulico,« je nastanek sedanje samostanske cerkve popisal Cevc.
V novi cerkvi, ki so jo dokončali leta 1703 in šele leta 1730 posvetili, medtem ko je današnjo fasado dobila šele v poznem 19. stoletju, so povzeli slog italijanskega baroka. Dvonadstropni samostan, ki je zrasel ob njej, pa je s svojo višino presegel vse tedanje meščanske hiše. Z oltarno opremo cerkve frančiškani niso močno oblikovali le baročnega blišča svojega svetišča, temveč tudi širši kamniški prostor, kot tudi redovne cerkve drugod po Slovenskem in Hrvaškem. V samostanu je namreč v dvajsetih in tridesetih letih 18. stoletja delovala redovna podobarska delavnica, v kateri je delovala dobro uglašena skupina mojstrov.
Le še spomin na baročne oltarje
Vendar pa, oltarji v cerkvi ne kažejo več svoje originalne baročne oblike, le plastike štirih stranskih oltarjev – svete Barbare, svetega Antona, svetega Valentina in Karmelske Matere božje – še spominjajo nanje.
Prav tako so za cerkev in samostan ustvarjali različni znani baročni slikarji, med katerimi pomembno mesto pripada ljubljanskemu slikarju Janezu Valentinu Metzingerju, ob katerem je treba omeniti še baročnega slikarja prav tako iz ljubljanskega kroga Antona Cebeja. Vendar pa so bile ob poznejših poslikavah cerkve tudi te slike odstranjene in so zdaj shranjene v galeriji samostanskega hodnika.
Kot je zapisal Cevc, je klasicistični okus iz frančiškanske cerkve pregnal baročni monumentalni oltar, ki so ga prenesli v podružno cerkev svetega Tomaža v Lokah v Tuhinjski dolini. Na njegovo mesto pa je stopil nov oltar, ki sicer po besedah umetnostnega zgodovinarja prav tako deluje mogočno, vendar hladno. Medtem ko so stranski oltarji konec 19. stoletja doživeli predelavo podobarja Franceta Ozbiča. Kip svetega Jakoba v velikem oltarju pa je v nazarenskem slogu ustvaril kamniški ustvarjalec Franc Tončič. Nekaj slik je nato za svetišče prispeval še kamniški slikar Matija Koželj, ladjo in prezbiterij pa je v nazarenski maniri poslikal Simon Ogrin. Kar pa niti niso bile zadnje spremembe v cerkvi, saj se je pod cerkvene poslikave z začetka 20. stoletja podpisal Stane Cuderman.
Del samostanskega kompleksa je tudi kapela Božjega groba, ki jo je s preobrazbo hodnika pod zvonikom zasnoval Jože Plečnik, ki je v njej med drugim oblikoval tudi tabernakelj iz podpeškega marmorja.
