V Sloveniji je sistem EES vzpostavljen na mejnih prehodih na letališčih Brnik, Maribor Slivnica in Portorož ter na mejnih prehodih za mednarodni morski promet v Kopru in Piranu.
V okviru mejne kontrole odslej ne bo več žigosanja potnih listov državljanov tretjih držav, ki v schengensko območje vstopajo za krajše obdobje, nadomešča ga obvezen vnos podatkov o teh državljanih v sistem EES. Ta bo elektronsko beležil vstope in izstope, zavrnitve vstopov ter podatke iz potnih listin, prstne odtise in fotografije potnikov.
V sistem EES so vključene vse članice EU - razen Cipra in Irske - ter Islandija, Lihtenštajn, Norveška in Švica. Države so sistem postopoma začele uvajati 12. oktobra na vseh zunanjih mejah EU, mednarodnih letališčih in v pristaniščih. V polletnem prehodnem obdobju so na mejah v sistem postopoma elektronsko vnašali osebne in biometrične podatke potnikov iz tretjih držav, a so jim prav tako še vedno žigosali potne liste.
V času postopnega uvajanja EES so se pojavile nekatere kritike. Evropska podružnica Mednarodnega sveta letališč, združenje Airlines for Europe in Mednarodno združenje letalskih prevoznikov IATA so februarja v skupnem pismu opozorili, da bo zaradi tega sistema v poletnih mesecih prihajalo do resnih motenj na letališčih.
Na težave zaradi novega sistema so v zadnjih mesecih opozorili tudi prevozniki iz Srbije, BiH, Črne gore in Severne Makedonije, ki zahtevajo poenostavitev postopkov na schengenskih mejah.
Generalni direktorat za migracije in notranje zadeve pri Evropski komisiji je ob koncu marca na svoji spletni strani izpostavil nekatere prednosti in prve dosežke novega sistema. Navedel je, da je bilo od začetka uporabe v EES zabeleženih več kot 45 milijonov prehodov meja, več kot 24.000 ljudem pa je bil iz različnih razlogov zavrnjen vstop v schengensko območje.
Sistem EES je po navedbah generalnega direktorata pomagal identificirati več kot 600 oseb, ki so predstavljale varnostno tveganje za Evropo. Tem ljudem je bil zavrnjen vstop, poleg tega pa so bili evidentirani v sistem. Če bodo te osebe prek EES poskusile vstopiti skozi drugo državo, bodo torej tamkajšnji mejni organi lahko videli, da so jim drugje vstop zavrnili.
Ker sistem hrani biometrične identifikatorje, je sedaj lažje odkriti zlorabe identitete, saj lahko na vsakem mejnem prehodu potnikove prstne odtise in fotografije obraza preverijo z biometričnimi podatki, ki so shranjeni v sistemu, je še zapisal generalni direktorat. Navedel je primer iz Romunije, kjer so s pomočjo biometričnih podatkov ugotovili, da je neka oseba uporabljala dve različni identiteti z različnimi dokumenti. Nadaljnja preiskava je pokazala, da so različne države tej osebi že trikrat zavrnile vstop na schengensko območje.