Čeprav so atentatorja takoj ujeli, čeprav je slovita Warrenova komisija ugotovila, da gre za Leeja Harveyja Oswalda, ki je bil dva dni pozneje tudi sam ubit z nabojem lastnika nočnega kluba Jacka Rubyja, skoraj nihče niti takrat niti naslednjih šestdeset let ni verjel, da je Oswald deloval sam. Vprašanje, kdo je ubil Kennedyja, pa je postalo kliše 20. stoletja.
Skrivnosti ni veliko pomagala niti tajnost ameriške vlade in njenih obveščevalnih služb, ki so imele obsežno dokumentacijo o najbolj znanem atentatu v vsej zgodovini Zahoda naslednja desetletja zaklenjeno v sefu. Ne nazadnje je v poznih devetdesetih večina od približno pet milijonov dokumentov, fotografij, videov, avdiozapisov in artefaktov, povezanih z atentatom na Kennedyja, postala dostopna javnosti. Večina, a ne vsi: v svojem prvem mandatu je Donald Trump leta 2017 odstranil oznako tajnosti še z nekaj dokumentov, na zahtevo Cie in FBI pa so mnogi še vedno ostali pod oznako državne tajne. Celo ko je Trumpov naslednik Joe Biden objavil na tisoče novih dokumentov, povezanih s Kennedyjevim umorom, to še vedno ni bilo vse: ocenjevalo se je, da je po zadnjem Bidnovem ukazu o umiku oznake tajnosti leta 2023 postalo javno dostopnih vsega skupaj devetindevetdeset odstotkov vseh zaupnih dokumentov o atentatu na Johna Kennedyja.
