Inamoto je člansko kariero začel leta 1997 v japonskem klubu Gamba Osaka, štiri leta pozneje pa je podpisal pogodbo z londonskim Arsenalom. Za Arsenal je odigral le nekaj pokalnih tekem, leto pozneje pa je postal član Fulhama. V njgeovem dresu je debitiral v elitni angleški ligi, do leta 2004 pa je na 41 tekmah dosegel štiri gole.
Med letoma 2004 in 2006 je bil član angleškega kluba West Bromwich Albion, vmes pa je bil za eno sezono posojen v velški klub Cardiff City. Pogoste menjave klubov je nadaljeval v sezoni 2006/07 v turškem Galatasarayu, med letoma 2007 in 2009 pa je nosil dres nemškega Eintrachta iz Frankfurta.
Zadnji dve leti v japonskem petoligašu
Sledilo je igranje za francoski Rennes v sezoni 2009/10, ki je bila tudi njegova zadnja v Evropi, nato pa se je vrnil na Japonsko. V svoji domovini je najprej igral za ekipo Kawasaki Frontale (od 2010 do 2014), nato pa za Hokaido Consadole Sapporo (med 2015 in 2018) in Sagamihara (od 2019 do 2021).
Njegov zadnji klub v dolgi in uspešni nogometni karieri je bil Nankacu, h kateremu je prestopil pred dvema letoma in s katerim je nastopal v peti japonski ligi. Za člansko reprezentanco Japonske je odigral 82 tekem in dosegel pet golov. Narodni junak pa je postal na svetovnem prvenstvu leta 2002 na domačih tleh, ko je na uvodnih dveh tekmah dosegel dva gola.
Japonsko prvič popeljal v izločilne boje
Japonska je v skupinskem delu osvojila prvo mesto v skupini H s sedmimi točkami, druga je bila Belgija (5), tretja Rusija (3) in zadnja Tunizija (1). Gostitelji so najprej remizirali z Belgijo (2:2), med strelce pa se je enkrat vpisal tudi Inamoto. Nato so za prvo zmago na turnirju ugnali Rusijo (1:0), zmagoviti gol pa je zabil prav Inamoto.
Na zadnji tekmi v skupini je Japonska premagala Tunizijo (2:0) in se prvič v svoji nogometni zgodovini uvrstila v izločilne boje. V osmini finala svetovnega prvenstva je domača reprezentanca klonila proti Turčiji (0:1) in tekmovanje končala na devetem mestu. »Te tekme so bile izhodišče, da je moje ime postalo znano po vsem svetu,« je dejal Juniči Inamoto, ki je za Japonsko igral na treh svetovnih prvenstvih.
